Sinergi antar lembaga terdiri dari beberapa kerjasama dalam tujuan mengembangkan penataan ruang wilayah yang istimewa. Sinergi antar lembaga yang perlu dilakukan adalah sinergi antara Lembaga Swasta dengan Lembaga Masyarakat, sinergi antara Pemerintah Daerah dengan Lembaga Masyarakat, sinergi antara Pemerintah Daerah dengan Lembaga Swasta dan sinergi antara Pemerintah Pusat dengan Pemerintah Daerah.
Masing-masing sinergi memiliki suatu kegiatan yang memiliki fungsi yang berbeda-beda namun memiliki satu tujuan yaitu memajukan Penataan Ruang suatu wilayah. Sinergi-sinergi ini perlu dilakukan secara berurutan agar tidak terjadi tumpang tindih kebijakan dan tidak keluar dari visi yang sudah ditetapkan.
Sinergi antara Lembaga Swasta dan Lembaga Masyarakat diwujudkan dalam bentuk pembinaan mengenai profit dalam pengelolaan hasil penataan ruang. Rencana pembinaan ini tidak semata-mata berupa upaya mengambil keuntungan dari penduduknya saja, tetapi juga bagaimana upaya melayani penanaman modal eksternal agar merasa puas dan nyaman sehingga penanam modal bersedia untuk datang kembali berinvestasi atau menceritakan pengalamannya kepada orang lain agar tertarik untuk berinvestasi membangun.
Hal ini merupakan sebuah upaya mewujudkan pengembangan tata ruang wilayah yang berkelanjutan, sehingga tidak hanya Lembaga Swasta yang mendapatkan keuntungan, tetapi juga masyarakat sekitar yang berpartisipasi dalam pengembangan wilayah lokalnya juga mendapatkan keuntungan baik secara langsung maupun tidak langsung.
Kerjasama kedua lembaga ini juga dapat berupa pelaksanaan program CSR (Corporate Social Responsibility) yang mana pihak swasta dapat memberikan insentif kepada masyarakat sekitar sebagai wujud tanggung jawab terhadap masyarakat atau lingkungan sekitar. Lembaga swasta yang akan mengelola kawasan-kawasan fungsional tertentu pada suatu daerah dapat memberikan insentif berupa fasilitas umum yang diperlukan kawasan, perbaikan lingkungan dan sumbangan yang bersifat sosial.
Sinergi antara Pemerintah Daerah dengan Lembaga Masyarakat dalam bentuk pembinaan yang mengarah pada peningkatan kesadaran masyarakat akan pentingnya penataan ruang wilayah dan peningkatan kualitas hasil pembangunan daerah. Selain itu peningkatan kesadaran masyarakat juga penting dalam mengembangkan kegiatan penataan ruang wilayah, agar masyarakat bersedia untuk ikut berpartisipasi aktif dalam pengembangan dan perlindungan kawasan-kawasan terbangun, yang pada ujungnya dapat meningkatkan pendapatan warga dan wilayah bersangkutan.
Peningkatan kualitas hasil pembangunan daerah dapat dilakukan masyarakat setelah turut berpartisipasi dalam pengembangan wilayah dan implementasi pembangunannya. Dalam pembinaan oleh pemerintah daerah, pembinaan dilakukan untuk meningkatkan kualitas hasil pembangunan daerah yang mengarah pada terwujudnya inovasi dalam pengelolaan hasil pembangunan fisik/kawasan dan peningkatan kualitas produk khas daerah yang menarik bagi penduduk pada umumnya.
Sinergi Pemerintah Daerah dengan Lembaga Swasta dilakukan dengan melaksanakan program investasi berjangka yang dilakukan oleh Lembaga Swasta pada obyek fisik yang dikelolanya. Dalam hal ini, pemerintah berperan dalam membuat kebijakan dan regulasi mengenai lokasi obyek fisik yang dikelola oleh pihak swasta agar pembangunan fisik daerah dapat berkembang dan dapat menguntungkan kedua belah pihak.
Lembaga swasta berperan dalam pengelolaan obyek fisik yang dibangun dengan inovasi dan kreasi yang menarik tanpa terlepas dari penyelenggaraan kebijakan penataan ruang yang dibuat oleh pemerintah untuk kepentingan kesesuaian dengan Rencana Tata Ruang di suatu wilayah.
Sinergi antara Pemerintah Pusat dengan Pemerintah Daerah berupa penyelenggaraan kebijakan dan regulasi mengenai otonomi daerah tentang penataan ruang yang memadai yang diturunkan dari rencana pembangunan pemerintah pusat, pemerintah provinsi ke pemerintah kabupaten/kota. Penyusunan kebijakan dilakukan dengan merumuskan implementasi dari tujuan dan cara pencapaiannya yang harus dilakukan Pemerintah Daerah maupun Pemerintah Kabupaten/kota agar pelaksanaan pengembangan penataan ruang wilayah dapat berjalan secara terstruktur.
Sinergi ini juga dapat mencegah terjadinya tumpang tindih kebijakan antara Pemerintah Pusat dengan Pemerintah Daerah. Penyelenggaraan regulasi dilakukan dengan tujuan mengendalikan pengelolaan agar tidak terjadi penyimpangan secara hukum.
